Najważniejszym i podstawowym zabiegiem eksploatacyjnym jest dbałość o regularne opróżnianie osadnika z osadu, wykonanie czego zalecamy co dwa lata.

Raz w roku zalecane jest czyszczenie filtra, który znajduje się w ostatniej komorze osadnika. Należy wypłukac go strumienieniem wody pod ciśnieniem.

Raz w miesiącu należy stosować preparaty bakteryjne (np. BIO7 itp.) w celu wzbogacenia układu o nowe szczepy bakterii i przyśpieszenia procesów rozkładu. Preparat taki dozuje się przez wsypanie proszku do miski ustępowej.

Do urządzenia EKO nie należy dostarczać wód opadowych, tudzież elementów wykonanych z tworzyw sztucznych np. środków higieny osobistej, gdyż może to powodować zakłócenia w jego pracy.

Uwaga! Przestrzegamy przed odprowadzaniem do systemu oczyszczalni skroplin z kondensacyjnego pieca c.o., gdyż mają one negatywny wpływ na działanie urządzenia. Wskazówka: objętość ocieku można w prosty sposób zminimalizować poprzez ocieplenie przewodu kominowego dziesięciocentymetrową warstwą waty szklanej (ogranicza to skraplanie się zanieczyszczonej pary wodnej na skutek różnicy temperatur). Na rynku dostępne są również urządzenia neutralizujące skropliny.

Oczyszczalnia nie wymaga izolacji termicznej, gdyż ciepło uwalniane w procesach fermentacji , oraz dostarczane wraz ze spływającym ściekiem zabezpiecza ją przed przemarznięciem w czasie silnych mrozów. Dotyczy to również drenażu rozsączającego.

Aby uzyskać i utrzymać maksymalną skuteczność procesu oczyszczania należy unikać wylewania do zlewu, toalety itp. dużych ilości bardzo agresywnych cieczy takich jak paliwa, wybielacze, silne kwasy i zasady, rozpuszczalniki organiczne (nie dotyczy używanych do mycia i prania detergentów). Wynika to z faktu, iż substancje te mogą wykazywać znaczące działanie bakteriobójcze lub bakteriostatyczne.