Najważniejszym i podstawowym zabiegiem eksploatacyjnym jest regularne opróżnianie zbiornika z nagromadzonych w nim ścieków. Pojemność szamba dobiera się w taki sposób, aby ścieki wywożone były co 10-14 dni. Nie powinno się wydłużać czasu przechowywania ich w zbiorniku, gdyż po około dziesięciu dniach zaczynają gnić i stanowić niebezpieczeństwo wywołania epidemii chorób bakteryjnych lub wirusowych.

Raz w miesiącu dobrze jest stosować preparaty bakteryjne, które ograniczą syntezę gazów w zbiorniku i redukują stężenie substancji organicznych w ściekach. Preparat taki dozuje się przez wsypanie proszku do miski ustępowej.

Zgodnie z wytycznymi instrukcji montażu bezodpływowe zbiorniki na ścieki typu EKO powinny posiadać wywiewkę odpowietrzającą wyprowadzoną co najmniej 0,5 m ponad poziom terenu. Drożność systemu wentylacyjnego pozwala uchronić się przed tzw. efektem zatkanej kanalizacji, czyli sytuacją kiedy ścieki nie mogą swobodnie spływać do zbiornika.

Zbiorniki nie wymagają izolacji termicznej, gdyż ciepło uwalniane w procesach fermentacji , oraz dostarczane wraz ze spływającym ściekiem zabezpiecza je przed przemarznięciem w czasie silnych mrozów.